中国科学院全部分院及研究所

上海分院

声学研究所东海研究站

微小卫星创新研究院

上海高等研究院

城市环境研究所

宁波材料技术与工程研究所

福建物质结构研究所

上海巴斯德研究所

上海药物研究所

上海天文台

分子植物科学卓越创新中心

即植物生理生态研究所

脑科学与智能技术卓越创新中心

即神经科学研究所

分子细胞科学卓越创新中心

即生物化学与细胞生物学研究所

上海营养与健康研究所

上海有机化学研究所

上海技术物理研究所

上海应用物理研究所

上海光学精密机械研究所

上海硅酸盐研究所

上海微系统与信息技术研究所

兰州分院

西北高原生物研究所

青海盐湖研究所

西北生态环境资源研究院

兰州化学物理研究所

近代物理研究所

北京分院

天津工业生物技术研究所

北京综合研究中心

空间应用工程与技术中心

北京生命科学研究院

信息工程研究所

科技战略咨询研究院

自然科学史研究所

国家空间科学中心

工程热物理研究所

电工研究所

自动化研究所

微电子研究所

半导体研究所

软件研究所

计算技术研究所

北京基因组研究所

国家生物信息中心

遗传与发育生物学研究所

生物物理研究所

微生物研究所

心理研究所

动物研究所

植物研究所

大气物理研究所

古脊椎动物与古人类研究所

青藏高原研究所

地质与地球物理研究所

空天信息创新研究院

在电子学研究所、遥感与数字地球研究所、光电研究院的基础上整合组建。

国家天文台

地理科学与资源研究所

过程工程研究所

生态环境研究中心

国家纳米科学中心

化学研究所

理化技术研究所

声学研究所

力学研究所

高能物理研究所

理论物理研究所

物理研究所

数学与系统科学研究院

南京分院

江苏省中国科学院植物研究所

南京中山植物园

苏州生物医学工程技术研究所

苏州纳米技术与纳米仿生研究所

南京天文仪器有限公司

国家天文台南京天文光学技术研究所

南京地理与湖泊研究所

南京土壤研究所

南京地质古生物研究所

紫金山天文台

赣江创新研究院

广州分院

广州电子技术有限公司

广州化学有限公司

广州化学研究所

深海科学与工程研究所

深圳先进技术研究院

广州生物医药与健康研究院

亚热带农业生态研究所

广州地球化学研究所

广州能源研究所

华南植物园

南海海洋研究所

成都分院

中国科学院大学重庆学院

成都中科唯实仪器有限责任公司

成都科学仪器研制中心

成都信息技术股份有限公司

成都计算机应用研究所

成都有机化学有限公司

成都有机化学研究所

成都文献情报中心

重庆绿色智能技术研究院

成都山地灾害与环境研究所

成都生物研究所

光电技术研究所

新疆分院

新疆天文台

新疆理化技术研究所

新疆生态与地理研究所

昆明分院

云南天文台

地球化学研究所

西双版纳热带植物园

昆明动物研究所

昆明植物研究所

武汉分院

水工程生态研究所

武汉文献情报中心

武汉植物园

水生生物研究所

武汉病毒研究所

精密测量科学与技术创新研究院

武汉岩土力学研究所

沈阳分院

烟台海岸带研究所

青岛生物能源与过程研究所

海洋研究所

沈阳自动化研究所

沈阳应用生态研究所

金属研究所

大连化学物理研究所

西安分院

秦岭国家植物园

水土保持与生态环境研究中心

水利部水土保持研究所

山西煤炭化学研究所

地球环境研究所

国家授时中心

西安光学精密机械研究所

长春分院

国家天文台长春人造卫星观测站

东北地理与农业生态研究所

长春应用化学研究所

长春光学精密机械与物理研究所